Алгоритм расчета конформационно-зависимых свойств белков для моделирования их координации с химическими соединениями
Автореферат, 26 Декабря 2011, автор: пользователь скрыл имя
Краткое описание
Кислотно-основный катализ является одним из основных механизмов катализа,
реализуемых ферментами. Кислотно-основные свойства каталитических остатков
ферментов определяют рН-профиль активности соответствующих биокатализаторов.
Известно, что кислотно-основные свойства аминокислотных остатков, принимающих
участие в ферментативном катализе (таких как аспарагиновая кислота, глутаминовая
кислота, гистидин, цистеин, лизин) могут сильно зависеть от пространственной
структуры белка и соответствующего микроокружения остатка. Например, в случае
промышленно значимого фермента пенициллинамидогидролазы, рКа каталитической
N-концевой аминогруппы фермента смещено в кислую область на несколько единиц
рН, что позволяет ферменту осуществлять ацилирование некоторых аминосоединений
при термодинамическом оптимуме рН 3-4.