Структура таможни России является четырехуровневой

На третьем уровне находятся непосредственно таможни. В основной своей массе они занимаются непосредственно таможенным оформлением и действуют в пределах одного субъекта федерации и подчиняются соответствующим РТУ. Кроме того существуют таможни, производящие таможенное оформление и непосредственно подчиненные ФТС России(например, Центральные энергетическая и акцизная, Внуковская, Домодедовская, Шереметьевская таможни). Имеются и специализированные таможни, не занимающиеся таможенным оформлением, например - оперативная таможня (в такой организации работник таможни занимается выявлением контрабанды), или базовая таможня, выполняющая тыловые функции.